原创《基于SLAF—seq技术红心火龙果SNP位点开发遗传分析》：本论文主要论述了红心论文范文相关的参考文献,对您的论文写作有参考作用。
摘 要 为分析不同品种红心火龙果的遗传关系,本研究采集国内14种红心火龙果品种,通过生物信息学分析进行实验方案的系统设计,将所提取基因组进行酶切,筛选特异长度的DN 断,构建SLAF-seq文库后进行高通量测序,将获得的序列进行分析比较后得到多态SLAF标签,在此标签基础上进一步开发特异性SNP位点,最后建立14种红心火龙果品种的进化树.本研究共开发159 560个SLAF标签,样品的平均测序深度为5.26×；共得到120 294个群体SNP,其中高一致性的群体SNP 51 859个.12种红心火龙果聚类结果发现,样品1、2、6、8、10同缘关系相近；样品3、5、7、9同缘关系相近；样品4、14同缘关系相对较近.研究表明应用SLAF-seq技术开发分子标记的效率比ISSR、RAPD、AFLP等常规技术更高.12种红心火龙果的聚类结果从基因组水平揭示不同地区品种之间的遗传分化关系,为火龙果种质的保护和遗传改良提供参考.
关键词 红心火龙果；SLAF-seq；SNP位点；遗传分析
中图分类号 S667.9 文献标识码 A
Abstract To analyze the genetic relationship among different cultivars, 14 red pitaya varieties were collected and sequenced by SLAF-seq technology. The scheme of the experiment was designed based on bio-informatics technology. Genome was extracted and digested by enzyme, specific size of DNA were chosen to construct the SLAF-seq library. After high-throughput sequencing, a great amount of sequences were obtained and used to gain the polymorphism SLAF tags by software alignment, then found the distribution of specific SNP sites. Finally evolutionary tree of 14 red pitaya varieties was constructed. In the end, 159 560 SLAFs were produced, and the average sequencing depth was 5.26×. 51 859 high consistency SNP sites was obtained based on the analysis of total 120 294 SNP. The clustering results of 12 red pitaya varieties showed the sample 1, 2, 6, 8, 10 had a greatly close relationship between each other, the same as the sample 3, 5, 7, 9 and sample 4, 14. This paper provided results that SLAF-seq technology could be applied in developing SNP sites in red pitaya, much more efficiently than markers like SSR, RAPD and AFLP. The clustering results revealed the relationships of population genetic evolution in the genomic level among red pitaya varieties come from different area,and provided reference for the protection of red pitaya"s germplasm and genetic improvement.
Key words red pitaya； SLAF-seq； SNP sites； genetic analysis
doi 10.3969/j.issn.1000-2561.2017.04.002
火龍果（Hylocereus undulates Britt. & Rose）是一种原产于墨西哥等中美洲地区的典型热带水果,近几年引入中国内地栽培并逐渐受到消费者青睐,规模化种植前景广阔,有着良好的发展空间.火龙果品种大体上可分为红皮红心、红皮白心、黄皮白心等3种类型[1],红皮红心火龙果的果肉中尤其含有大量花青素,可用于天然色素的提取,具有抗氧化抗衰老作用,经济价值高,对其研究日益增加[2-6].
2003年,国外TEL-ZUR等[7]首次采用RAPD技术分析两大属火龙果的遗传关系,设计9条引物得到了173个多态标记；此后,AFLP技术同样被认为能较好地区分不同品种火龙果[8-9].从2012年开始,国内逐渐开展火龙果种质相关的研究,如采用RAPD分子标记技术,从1196条引物中筛选出1条引物能够区分红肉和白肉火龙果[10]；ISSR技术可获得约一至两百个多态性分子标记[11-13],对本地火龙果的遗传多样性评价、种质鉴定等研究效果较好.但这些分子标记技术都存在一定的局限性,如RAPD技术易受许多因素影响,实验的稳定性和重复性较差,而ISSR标记对体细胞遗传变异的检测效率较低[14].因此,进一步大量开发火龙果分子标记需要有更高效的技术支持.近十年,随着高通量测序技术的快速发展,其简便快捷、低成本的特点在遗传研究中具有重要的地位,大规模基因分型结合高通量测序技术为基因挖掘提供有力的技术保障[15]. SLAF-seq（specific-locus amplified fragment sequencing）,该技术利用生物信息学方法,对目标物种的参考基因组进行系统分析,设计标记开发方案,构建SLAF-seq文库,筛选特异性长度片段进行高通量测序,将获得测序深度和质量满足要求的SLAF片段来代表目标物种的全基因组信息,进而根据这些特异性SLAF片段开发出大量分子标记,用于遗传定位、基因表达调控、系统进化等分子生物学研究[16-17].当前,尚未有利用高通量测序技术开发火龙果大量分子标记的报道,且不同红心火龙果品种的植物学特征及其遗传关系的研究很少,严重影响火龙果的推广和可持续发展.
红心论文参考资料：
结论：基于SLAF—seq技术红心火龙果SNP位点开发遗传分析为大学硕士与本科红心毕业论文开题报告范文和相关优秀学术职称论文参考文献资料下载，关于免费教你怎么写上海红心挂烫机价格方面论文范文。
